食品工程学院创立于1986年，目前开设食品智能加工技术、食品检验检测技术、食品质量与安全、食品生物技术四个专业。现有专任教师48人，硕士以上学历40人，其中博士5人；其中教授9人，副教授8人。正高级工程师1人，副教授6人；自治区“天山英才”教育教学名师2人，天山英才”青年科技拔尖人才1人，自治区级教学名师3人，教学能手1人；职业教育“双师型”教师32人，其中技师及高级技师37人。形成了一支素质高、业务精的双师教学团队。

学院拥有中央财政支持的食品加工技术、食品生物技术实训基地2个，自治区食品检验检测技术专业实训基地1个，先后投入700余万元建成食品加工技术和食品检测中心实训基地，建有焙烤食品加工、乳制品加工、果蔬加工等实验实训室（车间）33个，专业仿真实训室1个，实训工位700个，校内实训面积6300m²，校内实训设备总值1700余万元。与新疆统一企业食品有限公司、新疆天润乳业股份有限公司等企业建立长期稳定的校外实训基地40余家，成立了统一企业学院，建立“统一订单班”、“倪氏工匠班”、“小巴依工匠班”，形成了开放式的办学模式。

与乌兹别克斯坦塔什干化工学院、撒马尔罕国立大学开展国际联合办学，打造"中文+职业技能"人才培养模式。三方已正式签署合作协议，通过分段式培养机制，积极探索职业教育国际化发展的新路径。